W analizie naszego krajowego ekosystemu, przeprowadzonej przez profesora Stefana Kozłowskiego, dostrzeżono, że Polska jest znacznie bardziej obfita w zasoby naturalne niż kraje Europy Zachodniej. Szczególna różnorodność zaobserwowana została wśród gatunków owadów i ptaków, obszarów bagiennych oraz pierwotnych kompleksów leśnych. W raporcie zatytułowanym „Ochrona środowiska: Unia Europejska – Polska”, autor wyraził jednak swoje niezadowolenie z postawy negocjacyjnej Polski względem Unii Europejskiej.
Profesor Kozłowski, ceniony geolog i ekspert w dziedzinie ekologii, martwi się faktem, że w rozmowach z UE skupiono się przede wszystkim na problematyce zanieczyszczenia środowiska, zaniedbując kwestię konieczności ochrony naszego bogatego przyrodniczo kraju. Zamiast postrzegać Polskę jako kraj ekologicznie wartościowy, Unia widzi w nas przede wszystkim „brudne” terytorium wymagające znaczących inwestycji. UE oczekuje od Polski wprowadzenia kosztownych środków na oczyszczanie środowiska, wynoszących od 30 do 40 miliardów złotych do 2010 roku, natomiast niewiele zasobów przeznacza na rozwój sieci ekologicznej NATURA 2000 i programów rolno-środowiskowych.
Profesor Kozłowski wyraził również krytykę dotyczącą tak zwanej pomocy unijnej w ramach programu SAPARD. Obszary zaprojektowane z udziałem specjalistów zagranicznych na potrzeby projektu NATURA 2000 nie obejmują ważnych części dolin rzecznych, które stanowią główną siatkę korytarzy ekologicznych. Większość funduszy KBN jest przeznaczana na projekty techniczne, których efektywność maleje. Brakuje uprawnień do nadawania tytułów doktora w dziedzinie ochrony środowiska, co powoduje słabe pozycjonowanie tej specjalności, na przykład w KBN. Narodowy Fundusz Ochrony Środowiska i Gospodarki Wodnej jest przykładem niepoprawnej polityki naukowej i gospodarczej, w której 95% środków jest wydawanych na inwestycje techniczne, a zaledwie około 2% na naukę i edukację. Instytucje naukowe zajmujące się ochroną środowiska przechodzą głęboki kryzys lub są likwidowane, na przykład Instytut Ekologii PAN. Autor postuluje o zdefiniowanie nowej polityki naukowej, która będzie sprzyjała realizacji założeń zrównoważonego rozwoju kraju.
W wyniku ustawy o ochronie przyrody z 2001 roku, do połowy bieżącego roku w każdym województwie, powiecie i gminie mają powstać programy ochrony środowiska (POŚ). Wśród strategicznych celów POŚ znalazły się: wzmocnienie struktury ekologicznej, ograniczenie emisji szkodliwych substancji, zmniejszenie zużycia wody, energii i materiałów oraz poprawa transportu. Jednak według profesora Kozłowskiego, te programy to typowy przykład marnowania wielkiej szansy na wzmocnienie struktury przyrodniczej naszego kraju. Zostały one bowiem źle przygotowane, bez ustalenia hierarchii celów i zadań.
Realizacja programu Europejskiej Sieci Ekologicznej NATURA 2000 jest opóźniona. Nie ma krajowego centrum koordynacji tego przedsięwzięcia, które zakłada monitoring stanu środowiska prawie jednej piątej powierzchni kraju. To zadanie wymaga odpowiedniego zaplecza naukowego i kadrowego. Należy przeszkolić kilka tysięcy negocjatorów, którzy będą wdrażać ten program, a także zadanie przestawienia rolnictwa z koncentracji na ilości na jakość płodów rolnych. Brakuje konserwatorów przyrody w województwach, powiatach i gminach.
Proces wydawania zintegrowanych pozwoleń, który został wprowadzony zgodnie z dyrektywą UE w sprawie kontroli zanieczyszczeń od 1999 roku, nie wystartował dobrze. Spośród około 2300 podmiotów, które miały otrzymać takie dokumenty do końca 2003 roku, tylko kilka z nich je otrzymało. Błędy legislacyjne spowodowały, że proces ten ma potrwać do 2006 lub 2007 roku. Innym ważnym zadaniem jest przygotowanie oceny ryzyka dużych awarii przemysłowych i planów akcji ratowniczych w każdym województwie i powiecie, w którym jest co najmniej 5 z około 1200 zakładów używających substancje szczególnie niebezpieczne dla środowiska – do 2010 roku.
W ramach członkostwa w Unii Europejskiej, Polska ma obowiązek realizować priorytety szóstego Programu Ramowego UE w dziedzinie środowiska. W latach 2003-2010 polityka ekologiczna ma pochłonąć ponad 143,73 miliardów złotych. Z tego kwoty 61,78 miliardów złotych to wydatki planowane na lata 2003-2006, a niemal 81,95 miliardów złotych na lata 2007-2010. Najdroższe będą działania związane ze stosunkami wodnymi i poprawą jakości wód (39,5 miliarda złotych), zagospodarowaniem odpadów (29,1 miliarda złotych), wprowadzeniem najlepszych technik w przemyśle (26,7 miliarda złotych), zmniejszaniem energochłonności, materiałochłonności i wodochłonności gospodarki (20,9 miliarda złotych) oraz ochrona powietrza przed zanieczyszczeniem (19,7 miliarda złotych). Na redukcję hałasu i szkodliwego promieniowania w miastach wydamy 3 miliardy złotych, na wzbogacenie i racjonalne użytkowanie zasobów leśnych 1,4 miliarda złotych, na ochronę gleb i rekultywację zdegradowanych terenów 280 milionów złotych, a na ochronę przyrody oraz różnorodności biologicznej i krajobrazowej tylko 250 milionów złotych. Większość tych wydatków poniosą przedsiębiorstwa. Na przykład w drugiej fazie okresu (2007-2010) muszą one na te cele przeznaczyć aż 35,4 miliarda złotych. W tym samym czasie budżet państwa powinien wyasygnować niespełna 6,8 miliarda złotych, samorządy 7,5 miliarda złotych, fundusze ekologiczne około 18,2 miliarda złotych. UE dopłaci 13,68 miliarda złotych z funduszy strukturalnych i funduszu spójności, oprócz ponad 300 milionów złotych pozostałości z funduszy przedakcesyjnych.
Profesor Kozłowski sceptycznie podchodzi do takiego rozkładu kosztów. Krytykuje niedoszacowanie nakładów pozainwestycyjnych (na przykład na monitoring środowiska tylko 550 milionów złotych, na bezpieczeństwo chemiczne i biologiczne 390 milionów złotych). Twierdzi, że zadłużenie samorządów uniemożliwi im podwojenie nakładów ekologicznych, a bez zmiany polityki Ministerstwa Finansów nie uda się zwiększyć wydatków państwa na ochronę środowiska.
Generowanie znacznych środków na politykę ekologiczną wymaga więc zmian w programach głównych partii politycznych, głębokiej reformy edukacji ekologicznej i wprowadzenia „zielonej” reformy podatkowej. Jeżeli te kroki nie zostaną podjęte, Polska może nie być w stanie skorzystać z pomocy unijnej z powodu braku środków finansowych. Mogłoby to oznaczać załamanie się polityki ekologicznej państwa do 2006 roku, a potem do 2010 roku.